两性畸形的引起是多种因素共同作用的结果。
基因突变是引起两性畸形的重要原因之一。大部分两性畸形与染色体异常或基因突变相关。例如，父母染色体结构异常、染色体重组错误、染色体转座等都可能导致胚胎发育过程中的染色体异常，最终导致两性器官发育异常。
胚胎发育异常也可以引起两性畸形。胚胎在母体子宫内发育期间，受到母体内外环境的影响，有时可能导致两性器官的异常发育。例如，胎儿在生殖腺发育过程中受到荷尔蒙异常、营养不良、毒物或药物暴露等因素的干扰，就有可能导致两性器官的异常形成。
环境因素也可以起到一定的作用。环境中的化学物质、放射线、药物等因素的暴露可能对胚胎发育过程中的性器官发育产生不良影响，从而导致两性畸形。
遗传因素与环境因素相互作用也是两性畸形的重要原因。有些两性畸形可能来自家族遗传，但其表现并不是固定的。遗传倾向只是一个风险因素，其最终是否表现为两性畸形还受到环境因素的影响。
两性畸形是由基因突变、胚胎发育异常、环境因素以及遗传与环境的相互作用引起的。这些因素可以影响性器官的正常发育和功能，导致两性畸形的出现。因此，减少与环境中有害物质的接触、改善孕期保健、避免近亲结婚等措施有助于减少两性畸形的发生。
