乙肝小三阳会合并引发脂肪肝的出现。不过一般情况良好，单项ALT轻中度升高、血脂增高、B型超声检查可见脂肪肝波形，根据肝活检病理检查进行确诊。
乙肝小三阳会合并引发肝硬化的出现，主要是因为肝合成障碍以及脾功能亢进，而导致凝血因子缺乏及血小板减少，病人直接的表现就是全身多部位容易出血，常表现为牙龈出血、流鼻血、身上出现不明原因的紫斑、青斑。并且乙肝小三阳合并肝硬化后，还可能引发肝腹水和肝昏迷等。
最后也是最严重的一种，乙肝小三阳可能引发肝癌，以慢性乙肝小三阳肝硬化发生肝癌的情况多见，也可见于慢性乙肝小三阳感染末经肝硬化阶段发展成肝癌。其发生机制目前认为与HBV-DNA整合有关。
除上述常见并发症之外，还可引发酒精肝、糖尿病、胰腺炎、胆道感染等疾病以及功能性肾衰竭等。不管是乙肝小三阳携带者还是乙肝小三阳患者，都应该积极进行治疗，才能从根本上预防这些并发症的发生。
