巨人症的鉴别诊断主要通过体格检查、血液生化检查、影像学检查、遗传学检查等多种方法进行综合分析来确定。需要排除其他引起身高异常的疾病，如垂体前叶功能减退症、先天性甲状腺功能减退症、原发性矮小症等。以下是详细解析：

1.体格检查：病人矮高的程度及其生长发育情况等，如下臂长度、上臂长度、躯干长度等均需测量。

2.血液生化检查：检查生长激素、胰岛素样生长因子1（IGF-1）等内分泌指标，以及甲状腺激素、生殖激素等可以引起身高异常的因素。

3.影像学检查：常用的有磁共振成像（MRI）和X线拍片。MRI检查可以准确评估垂体的大小和形态，对于垂体腺瘤引起的巨人症的诊断非常重要。X线检查可以观察到骨骼发育的情况，但在儿童和青少年中可以有较高的辐射暴露风险。

4.遗传学检查：遗传巨人症通常会有家族史，需要进行遗传学检查以确定是否存在相关遗传突变。

综合上述检查结果，医生可以确定巨人症的确诊并评估其病情轻重程度，并制定个性化的治疗方案。