生理性萎缩是由于年龄增长导致男性睾丸内的睾丸间质和精管数量减少，导致睾丸大小和精子数量减少的情况，是一种正常的生理现象，不需要治疗。而病理性萎缩则是由其他因素引起的睾丸结构和功能受损而导致的萎缩，需要进行治疗。鉴别诊断生理性萎缩和病理性萎缩的方法主要包括以下几种：

1.体检和症状询问：对于生理性萎缩的患者，通常没有其他明显症状，如性欲减退、阳痿等，睾丸大小也会有所减小，但不会引起明显不适；而对于病理性萎缩的患者，常常会出现其他症状，如睾丸疼痛、阴囊肿胀、乳房肥大等，需要进行详细的症状询问和体检。

2.检查精液和血液：对于生理性萎缩的患者，精子数量和质量虽然会随着年龄增长而下降，但通常不会引起明显异常；而对于病理性萎缩的患者，通常会出现精液质量和数量明显下降的情况，甚至出现精液中无精子的情况。血液检查可以检测男性睾丸激素水平，对于病理性萎缩的患者通常会出现睾丸激素水平异常的情况。

3.影像检查：包括超声、CT等影像检查，对于生理性萎缩的患者，通常睾丸大小减小，但形态和结构无明显异常；而对于病理性萎缩的患者，通常会出现睾丸形态和结构异常的情况，如囊肿、肿块等。

鉴别诊断生理性萎缩和病理性萎缩需要综合考虑患者的症状、体征、精液和血液检查以及影像检查等多种因素，通过综合分析来确诊。