黏膜萎缩的鉴别诊断主要包括以下几个方面：

1.慢性萎缩性胃炎：慢性胃炎是一种胃粘膜的慢性非特异性炎症，可能导致胃酸腐蚀和胃黏膜创伤，引起黏膜萎缩。慢性胃炎的症状包括消化不良、腹胀、疼痛等，需要通过胃镜检查和活检来确诊。

2.自体免疫性胃炎：自体免疫性胃炎是一种免疫性疾病，导致自身免疫系统攻击胃黏膜，造成黏膜萎缩和胃酸分泌减少。自体免疫性胃炎的症状包括胃酸缺乏、贫血、营养不良等，需要通过胃镜检查和活检来确诊。

3.药物性胃炎：某些药物如非甾体抗炎药、口服避孕药等可以对胃黏膜产生副作用，导致黏膜萎缩。药物性胃炎的症状包括上腹部不适、恶心、呕吐等，需通过详细询问和相关检查来确定是否与药物有关。

4.放射性胃炎：放射治疗后胃黏膜受损，引起萎缩，症状包括恶心、呕吐、腹泻等，需要通过放射学检查来诊断。

对于出现黏膜萎缩症状的患者，需要详细询问病史、全面体检和相关检查，以找出病因和确定正确的治疗方案。