呼吸睡眠暂停综合征患者睡眠时会反复出现上呼吸道狭窄或阻塞，可导致间断性的低氧血症和高碳酸血症，容易诱发脑血管病变。如果血管内壁受损，血小板被激活，那么激活的血小板非常容易形成血栓，沉积在血管壁上。当血管壁上的血栓脱落，随着血流进入脑血管后，就容易形成脑血栓。睡眠状态脑细胞对血氧需求量非常旺盛，缺氧可以使红细胞生成素分泌增加，引起红细胞增多，血液粘滞度增加，血流量减少，从而诱发脑血栓的发生。因此，相对正常人群而言，呼吸暂停综合征患者更容易诱发脑血栓。