目前对急性肾小管间质肾炎的治疗，尚无特异和有效的药物治疗。治疗多为对症和支持治疗。对有明确病因的患者应首先去除致病因素，如停止继续使用对肾脏有毒性的药物或脱离对肾脏有损害的环境。对存在原发病的肾小管间质性肾炎，特别是活动性原发病，首先要给予强有力的药物治疗，控制住原发病。对有尿路梗阻、尿液反流等疾病患者，必要时予以手术治疗，加强支持治疗，避免各种对肾脏有损伤的因素，使已出现的肾小管间质损害逐渐恢复。对急性过敏性间质性肾炎，有学者主张应用糖皮质激素治疗，认为有可能地缩短肾功能恢复时间，但由于大多数药物过敏性间质性肾炎在停药后予以对症支持治疗，即能较快恢复，因此，是否使用激素应当权衡利弊。
