结膜炎反复发作的原因在于慢性结膜炎并没有被根治，只是症状减轻或消失，患者误认为已经治愈就不再治疗，当抵抗力再次下降时，症状又会再次出现，这时患者就认为是结膜炎在反复发作。结膜炎分为急性结膜炎或慢性结膜炎，急性结膜炎发病重、发病急、容易治愈，慢性结膜炎时轻时重，有时没有症状，有时候症状严重，常反复发作。部分慢性结膜炎患者治疗时自觉症状减轻，就误以为已经治愈了，就不再继续治疗，但实际上经过治疗患者的抵抗力增加，症状减轻，但结膜炎并没有彻底治愈，当抵抗力差的时候，如女生经期或者感冒时，结膜炎症状就会再次出现或加重，这时患者认为是结膜炎反复发作了，但并不是反复发作，只是未被治愈的结膜炎症状再次加重了。
