肛瘘通常需要手术治疗，保守治疗仅适用于少数特殊情况。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，自愈概率极低。
肛瘘手术是根治性治疗手段，包括肛瘘切开术、肛瘘切除术和挂线疗法等。手术能彻底清除感染灶和瘘管，避免反复发作。术后配合抗生素如头孢克肟分散片、甲硝唑片预防感染，使用马应龙麝香痔疮膏促进创面愈合。未及时手术可能导致感染扩散、肛门失禁等并发症，表现为肛周持续流脓、疼痛加剧和发热等症状。
术后需保持肛门清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴，饮食选择高膳食纤维食物如燕麦、西蓝花预防便秘，避免辛辣刺激食物。
