食道镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用局部麻醉药物减轻咽喉部敏感度，部分敏感人群可能出现短暂恶心或异物感。
食道镜检查的不适感主要与个体耐受性相关。检查时医生会将内镜经口腔缓慢插入食道，过程中要求患者配合做吞咽动作。咽喉部麻醉后，多数人仅感觉轻微压迫感，检查时间通常持续5-10分钟。对于配合度较好的患者，检查过程相对顺利，不适感较轻。检查后1-2小时内可能出现咽喉轻微疼痛或异物感，通常可自行缓解。
少数对器械敏感或紧张焦虑的患者可能出现较强不适。咽喉反射敏感者可能在器械接触时引发干呕，过度紧张可能导致肌肉痉挛增加操作难度。这类情况可通过深呼吸放松、检查前与医生充分沟通来改善。对于特别敏感人群，部分医疗机构提供镇静镇痛方案，可显著提升检查舒适度。
检查后2小时内应禁食禁水以避免呛咳，当日饮食以温凉流质为主，避免辛辣刺激食物。若出现持续胸痛、呕血或发热等症状需立即就医。定期进行食道镜检查有助于早期发现食道病变，建议高风险人群遵医嘱定期检查。