结肠镜检查过程中可能出现轻微不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用镇静药物减轻痛苦，具体感受与个体耐受性、肠道准备情况等因素相关。
结肠镜检查的不适感主要来源于肠镜通过肠道弯曲部位时的牵拉感，可能引发短暂腹胀或隐痛。现代结肠镜设备管径较细且可弯曲，配合医师的规范操作能大幅降低机械刺激。检查前口服肠道清洁剂排空粪便可减少镜身摩擦，静脉注射短效镇静剂如咪达唑仑能帮助患者放松并降低痛觉敏感度。部分医疗单位提供无痛肠镜选项，通过丙泊酚等麻醉药物可实现全程无感知状态。
少数对疼痛特别敏感或存在肠粘连、肠扭转等解剖异常的患者可能出现较强痛感。既往腹部手术史导致肠道粘连者，肠镜通过病变部位时阻力增大可能引发痉挛性疼痛。炎症性肠病急性期患者因肠壁水肿脆弱，检查时穿孔风险略增高需谨慎操作。这类情况医师会根据实时反馈调整进镜力度，必要时改为CT仿真结肠镜等替代方案。
检查前3天应进食低渣饮食，前1天遵医嘱服用复方聚乙二醇电解质散等清肠药物，确保排出清水样便以达到最佳视野。检查当日携带既往胃肠造影或手术记录供医师参考，穿着宽松衣物便于操作。术后2小时内禁食防止误吸，待麻醉完全消退后从流质饮食逐渐过渡到正常饮食。若出现持续腹痛、便血或发热需立即返院排查迟发性穿孔等并发症。定期结肠镜检查是结直肠癌筛查的金标准，建议50岁以上人群每5-10年进行一次，有家族史者应提前至40岁开始筛查。