黄连素的主要副作用包括胃肠不适、过敏反应、低血糖、肝功能异常及菌群失调。黄连素是从中药黄连中提取的生物碱，临床常用于治疗胃肠炎、细菌性痢疾等感染性疾病，但需警惕其潜在不良反应。
1、胃肠不适
服用黄连素后可能出现恶心、呕吐、腹胀或腹泻等胃肠刺激症状。这与黄连素直接刺激胃肠黏膜有关，尤其空腹服用时更易发生。建议餐后服药以减轻不适，若症状持续需停药并咨询医生。胃肠溃疡患者应慎用该药。
2、过敏反应
部分患者可能对黄连素成分过敏，表现为皮肤瘙痒、红疹或呼吸困难等症状。过敏体质者初次使用需密切观察，出现过敏应立即停药并就医。严重过敏可能引发过敏性休克，需紧急使用肾上腺素注射液等抢救措施。
3、低血糖
长期大剂量使用黄连素可能干扰糖代谢，导致头晕、冷汗、心悸等低血糖反应。糖尿病患者联用降糖药时风险更高，需定期监测血糖。出现症状时可口服葡萄糖溶液缓解，必要时调整用药方案。
4、肝功能异常
少数患者用药后可能出现转氨酶升高、黄疸等肝功能损害表现。原有肝病患者应避免长期服用，用药期间建议每1-2个月检查肝功能。若发现异常需停用黄连素片，并配合护肝治疗如复方甘草酸苷片。
5、菌群失调
黄连素的抗菌作用可能破坏肠道正常菌群平衡，引发腹泻或真菌感染。长期使用时可配合双歧杆菌三联活菌胶囊等益生菌制剂。避免与广谱抗生素联用，老年及免疫力低下者更需注意。
使用黄连素期间应严格遵医嘱控制剂量和疗程，避免长期连续服用超过1周。服药后若出现严重腹泻、皮肤黏膜出血等异常需立即就医。日常注意观察大小便颜色及皮肤变化，保持清淡饮食，避免与含鞣质的食物同服影响药效。孕妇、哺乳期妇女及6岁以下儿童须在医生指导下谨慎使用。