银耳的主要营养物质集中在胶质层和子实体部位，包括多糖、蛋白质、膳食纤维及多种微量元素。
银耳胶质层富含银耳多糖，具有免疫调节和抗氧化作用，其黏稠质地源于可溶性膳食纤维。子实体部分含有较多蛋白质和氨基酸，其中包含人体必需的8种氨基酸。菌柄部位虽然质地较硬，但仍含有一定量的矿物质如钾、钙、镁等。银耳在干燥过程中会损失部分水溶性维生素，但核心营养成分仍保留在胶质层。不同生长阶段的银耳，其胶质层厚度与营养密度呈正相关。
食用银耳时建议将胶质层与子实体一同烹煮，充分释放营养成分，可搭配莲子、枸杞等食材增强滋补效果。干银耳需冷水泡发3-4小时，避免高温快速泡发导致营养流失。每周食用2-3次为宜，脾胃虚寒者应减少食用量。选购时选择朵形完整、胶质层肥厚、无硫磺熏蒸痕迹的优质银耳，烹饪时避免长时间高温炖煮破坏活性成分。