吃橙子时一般不建议与高蛋白食物、牛奶、萝卜、海鲜、部分药物等同食。橙子含有丰富的维生素C和果酸，与特定食物或药物同服可能影响营养吸收或引发胃肠不适。
橙子与高蛋白食物如鸡蛋、牛肉同食可能降低蛋白质消化率，果酸会使蛋白质凝固成块状，增加胃肠负担。牛奶中的酪蛋白遇橙子果酸易凝结沉淀，可能引发腹胀或腹泻，两者间隔1小时食用更安全。萝卜中的硫苷类物质与橙子维生素C结合可能刺激甲状腺，长期大量同食对甲状腺功能异常者不利。海鲜中的五价砷虽微量，但在维生素C作用下可能转化为三价砷，虽不达中毒量但敏感人群可能出现恶心症状。部分药物如阿托伐他汀钙片、铝碳酸镁咀嚼片与橙子同服可能影响药效，服药前后2小时应避免食用橙子。
日常食用橙子建议单独作为加餐，或与苹果、梨等中性水果搭配。胃肠敏感者避免空腹食用，每日摄入量控制在200-300克为宜。服用抗生素、降压药等特殊药物时需咨询医师饮食禁忌。若进食橙子后出现皮肤瘙痒、呕吐等过敏症状，应立即停止食用并就医。储存橙子时注意通风避光，腐烂变质的橙子会产生展青霉素等毒素，不可切除霉变部分后继续食用。