每天饮用椰子水可能引起胃肠不适、电解质紊乱、血糖波动等副作用，过量饮用还可能加重肾脏负担。
椰子水含有较高钾元素，长期大量饮用可能导致血钾升高，尤其肾功能不全者可能出现心律失常。其天然糖分摄入过多会干扰血糖控制，糖尿病患者需谨慎。部分人群饮用后可能出现腹胀或腹泻，与其中短链脂肪酸刺激肠道有关。椰子水的渗透压较低，运动后大量饮用可能稀释血液钠浓度，引发低钠血症。市售产品若添加防腐剂或糖分，长期摄入还可能增加代谢综合征风险。
建议每日饮用椰子水不超过500毫升，优先选择无添加的鲜榨产品，饮用后观察排尿情况与身体反应。搭配均衡饮食避免营养失衡，运动后补充电解质建议选择专业运动饮料。存在慢性疾病者应咨询营养师制定个性化方案，出现心慌、水肿等症状需及时就医检测电解质水平。日常可将椰子水作为偶尔的饮品替代，而非完全替代饮用水。