患有胃肠溃疡、肾功能不全、糖尿病酮症酸中毒等疾病的人群通常不建议吃莲藕。莲藕含有较多淀粉和膳食纤维，可能加重消化负担或影响血糖稳定。
胃肠溃疡患者需避免莲藕的高纤维刺激黏膜。莲藕的粗纤维可能摩擦溃疡面导致疼痛加剧，未充分烹煮时更易引发腹胀。急性发作期应选择米粥等低渣食物，恢复期可少量食用藕粉。
肾功能不全者需限制莲藕的高钾含量。每100克莲藕含钾约300毫克，可能加重高钾血症风险。透析患者尤其需注意，建议将莲藕焯水去钾后再少量食用，同时监测血钾水平。
糖尿病酮症酸中毒期间禁用莲藕。莲藕淀粉含量达15%左右，升糖指数较高，可能加剧血糖波动。稳定期患者每日食用量不宜超过50克，需计入全天碳水化合物总量。
莲藕的黏液蛋白可能诱发过敏反应。部分人群接触莲藕黏液后会出现皮肤瘙痒、口腔肿胀等过敏症状，严重时可引起喉头水肿。既往有植物蛋白过敏史者应谨慎尝试。
脾胃虚寒者过量食用可能引起腹泻。生莲藕性凉，消化功能较弱人群大量食用可能导致腹痛、大便溏稀等症状，建议搭配生姜烹调以中和寒性。
特殊人群食用莲藕前应咨询医生或营养师意见。胃肠疾病患者可选择藕粉等易消化形式，肾功能不全者需控制摄入量并注意烹调方式，糖尿病患者需搭配蛋白质食物延缓升糖速度。日常储存莲藕时需避免发芽变质，烹调前充分清洗去除淤泥，过敏体质者首次尝试应少量测试。若食用后出现明显不适，应立即停止进食并就医评估。