水蛭具有破血逐瘀、通经活络的功效，主治血瘀经闭、癥瘕积聚、跌打损伤等病症。
1、破血逐瘀
水蛭所含水蛭素能抑制凝血酶活性，溶解血栓，改善微循环。适用于产后瘀阻、心脑血管血栓性疾病，常与虻虫、桃仁配伍使用。血瘀型痛经者可配合当归、川芎煎服。
2、通经活络
其唾液腺分泌的组胺样物质可扩张血管，缓解经络痹阻。对中风后肢体麻木、类风湿关节炎关节肿胀有改善作用，多与地龙、全蝎同用。外用时可取活体局部吸血治疗静脉曲张。
3、抗凝溶栓
水蛭素通过特异性结合纤维蛋白原，阻止血小板聚集。临床用于防治深静脉血栓、肺栓塞，需在医生指导下配合华法林钠片、阿司匹林肠溶片等抗凝药物。
4、消癥散结
对子宫肌瘤、肝硬化等实质性肿块有软化作用。常与三棱、莪术组成复方，如大黄蛰虫丸。治疗前列腺增生时可配伍穿山甲、皂角刺。
5、促进创伤愈合
活体应用时分泌的血管扩张剂能增加创面血供，加速组织修复。用于糖尿病足溃疡、褥疮等难愈性伤口，需严格消毒后使用。
使用水蛭制剂时应定期监测凝血功能，孕妇、出血倾向者禁用。日常可配合山楂、黑木耳等活血食材，避免与抗凝药物同服。治疗期间出现牙龈出血、皮下瘀斑等症状需立即停药就医。药材宜选用人工养殖的菲牛蛭或日本医蛭，野生品种可能携带病原体。外用活体治疗须在医疗机构由专业人员操作，防止感染。