甲状腺功能减退症多数情况下可以控制但不能完全治愈，需长期药物替代治疗。治疗效果主要取决于病因类型、治疗依从性及并发症管理。
原发性甲减如桥本甲状腺炎导致的甲状腺功能减退，通常需要终身服用左甲状腺素钠片补充激素。患者定期监测促甲状腺激素水平，调整药物剂量后可维持正常代谢状态。部分亚临床甲减或术后暂时性甲减，在病因解除后可能逐渐恢复甲状腺功能。
中枢性甲减由下丘脑或垂体病变引起，需针对原发病治疗。若垂体瘤压迫导致，经手术或放疗后部分患者激素水平可改善。但严重垂体功能损伤者仍需长期替代治疗。某些碘缺乏地区甲减通过补碘干预可能实现功能恢复，但已形成的甲状腺结节或萎缩不可逆。
甲减患者日常需保持均衡饮食，适量摄入海带紫菜等含碘食物但避免过量，规律监测甲状腺功能。合并高血脂或心脏病者应控制脂肪摄入，适度进行快走游泳等有氧运动。冬季注意保暖避免低体温症，出现嗜睡水肿加重需及时复诊调整药量。妊娠期甲减患者需每月检测TSH，确保胎儿神经发育正常。