脑炎经过规范治疗多数可以治愈，但具体预后与病因、病情严重程度及治疗时机密切相关。病毒性脑炎早期干预效果较好，部分重症或延误治疗者可能遗留神经系统后遗症。
病毒性脑炎是常见类型，早期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物可有效抑制病原体复制。细菌性脑炎需根据药敏结果选用敏感抗生素，如头孢曲松钠注射液、美罗培南注射液。免疫性脑炎需联合糖皮质激素如甲泼尼龙片、免疫球蛋白冲击治疗。治疗期间需密切监测颅内压，必要时行脱水降颅压处理，如甘露醇注射液静脉滴注。重症患者可能需呼吸机辅助通气或亚低温脑保护治疗。
部分患者因就诊延迟或病原体毒力较强，可能出现癫痫、认知障碍等后遗症，需长期康复训练。自身免疫性脑炎易复发，需定期随访免疫指标。婴幼儿、老年人及免疫功能低下者预后相对较差。隐球菌性脑炎等特殊感染疗程较长，需持续抗真菌治疗数月。
脑炎患者康复期应保证充足营养，适当补充B族维生素促进神经修复，避免剧烈运动加重脑耗氧。出现头痛呕吐等症状加重需立即复诊，遗留肢体功能障碍者需坚持针灸、高压氧等康复治疗。家属需关注患者情绪变化，预防抑郁焦虑等心理问题，定期复查脑电图、头颅MRI评估恢复情况。日常注意预防呼吸道感染，疫苗接种可降低部分病原体感染风险。