脑炎能否彻底治好取决于具体病因和病情严重程度，多数病毒性脑炎经规范治疗可痊愈，但部分重症或特殊病原体感染可能遗留神经系统后遗症。
病毒性脑炎是较常见的类型，早期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物联合对症治疗，多数患者1-3个月可完全恢复。细菌性脑炎需根据药敏结果选用注射用头孢曲松钠、美罗培南注射液等抗生素，及时治疗者预后较好。单纯疱疹病毒性脑炎若在发病72小时内启动抗病毒治疗，治愈率较高。部分患者可能出现头痛、记忆力减退等轻微后遗症，通过营养神经药物如甲钴胺片、胞磷胆碱钠胶囊配合康复训练可改善。
结核性脑膜炎、隐球菌性脑膜炎等特殊感染需长期联合用药，治愈周期可能延长至6-12个月。重症脑炎合并脑实质严重损伤时，可能遗留癫痫、肢体瘫痪等后遗症，需长期服用丙戊酸钠缓释片、左乙拉西坦片控制症状。免疫缺陷患者或新生儿脑炎预后相对较差。早期进行高压氧治疗、针灸等康复干预有助于减轻后遗症。
脑炎患者康复期需保证优质蛋白和B族维生素摄入，适量食用鱼类、鸡蛋、西蓝花等食物。避免剧烈运动和过度疲劳，定期复查脑电图、头颅MRI等检查。出现发热、意识模糊等症状需立即就医。保持规律作息和情绪稳定对神经功能恢复有积极作用。