急性心肌炎通常可以治好，多数患者经过规范治疗可完全康复，少数重症患者可能遗留心脏功能异常。
急性心肌炎的治疗效果与病情严重程度密切相关。轻症患者通过充分休息、避免剧烈运动、限制钠盐摄入等基础措施，配合抗病毒药物如阿昔洛韦片、营养心肌药物如辅酶Q10胶囊、改善代谢药物如曲美他嗪片等治疗，炎症可在数周至数月内逐渐消退。部分患者需短期使用糖皮质激素如泼尼松片控制过度免疫反应。早期诊断和避免劳累是促进康复的关键因素。
重症心肌炎可能出现急性心力衰竭、恶性心律失常等并发症，需在重症监护室接受静脉免疫球蛋白、临时心脏起搏或体外膜肺氧合等高级生命支持治疗。这类患者虽经积极救治可能存活，但部分会发展为扩张型心肌病，需长期服用血管紧张素转换酶抑制剂如培哚普利片、β受体阻滞剂如美托洛尔缓释片等药物控制病情进展。病毒感染后持续存在的心肌损伤标志物升高提示预后不良。
急性心肌炎康复期应保持低盐低脂饮食，每日钠盐摄入不超过5克，避免腌制食品；选择散步、太极拳等低强度运动，心率控制在静息状态20%增幅以内；保证充足睡眠，戒烟限酒；定期复查心电图、心脏超声和心肌酶谱，监测6个月无异常方可逐步恢复正常工作强度。若出现活动后气促、夜间阵发性呼吸困难等症状需立即复诊。