急性心肌炎通常可以治愈，但需根据病情严重程度及治疗及时性决定预后。轻度患者经规范治疗多可完全康复，重症患者可能遗留心脏功能损伤。
急性心肌炎治愈概率与病毒类型、免疫反应强度及心肌损伤范围密切相关。早期使用抗病毒药物如阿昔洛韦片、更昔洛韦胶囊可抑制病原体复制，静脉注射免疫球蛋白能调节过度免疫反应。糖皮质激素如泼尼松片适用于暴发性心肌炎合并心源性休克患者，需配合利尿剂呋塞米片减轻心脏负荷。多数患者经1-3个月卧床休息后心肌酶谱可恢复正常，心电图ST段改变逐渐消失。约两成重症患者可能发展为扩张型心肌病，需长期服用美托洛尔缓释片、培哚普利片等药物延缓心室重构。
暴发性心肌炎合并多器官衰竭者死亡率较高，即使存活也可能需植入心脏起搏器。柯萨奇B组病毒感染所致心肌炎更易慢性化，部分儿童患者会遗留室性心律失常。艾滋病或器官移植后患者因免疫力低下，心肌炎复发风险显著增加。心内膜心肌活检显示广泛纤维化者预后较差，五年生存率不足六成。
急性心肌炎康复期应严格避免剧烈运动，保持低盐低脂饮食，每日监测血压心率。可循序渐进进行散步等有氧活动，三个月后复查心脏超声评估心功能。出现心悸气短需立即复诊，禁用非甾体抗炎药以免加重心肌损伤。建议接种流感疫苗预防呼吸道感染，保证每日7-8小时睡眠促进心肌修复。