真菌鼻窦炎手术通常不会产生剧烈疼痛，术中会使用麻醉药物，术后疼痛感多为轻度至中度，可通过药物控制。
真菌鼻窦炎手术一般采用全身麻醉或局部麻醉联合镇静，术中患者处于无意识状态或仅感觉轻微压力。术后24小时内可能出现鼻腔胀痛、头部钝痛，疼痛程度与个人耐受性、病变范围相关。医生会根据疼痛评分开具布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等镇痛药物，配合鼻腔冲洗和冷敷可进一步缓解不适。术后3-5天疼痛逐渐减轻，约1-2周基本消失。少数患者因真菌侵袭范围广或合并细菌感染，可能需延长镇痛药物使用时间。
若术后出现持续剧烈头痛、发热或脓性分泌物增多，可能提示并发症，需及时复查。糖尿病患者、免疫功能低下者术后恢复期可能延长，疼痛持续时间略长于普通患者。手术采用鼻内镜微创技术，创伤较小，多数患者术后2-3天即可下床活动。
术后应保持鼻腔清洁，遵医嘱使用生理盐水冲洗，避免用力擤鼻或剧烈运动。饮食以温凉流质为主，避免辛辣刺激性食物。睡眠时抬高床头30度有助于减轻鼻腔充血。定期复查鼻内镜观察黏膜恢复情况，术后1个月内避免游泳或乘坐飞机。若出现视力改变、面部肿胀等异常需立即就医。