真菌性鼻窦炎不一定需要手术，多数情况下可通过药物治疗控制，少数病情严重或合并并发症时需手术干预。
真菌性鼻窦炎的治疗选择主要取决于感染类型和严重程度。非侵袭性真菌性鼻窦炎通常由曲霉菌等条件致病菌引起，表现为鼻塞、脓涕和头痛，可通过鼻用糖皮质激素喷雾如布地奈德鼻喷雾剂联合口服伊曲康唑胶囊进行抗真菌治疗，同时配合生理盐水鼻腔冲洗。慢性真菌性鼻窦炎若存在真菌球或局限性病变，可在鼻内镜下清除病灶并保留正常黏膜，术后继续使用伏立康唑片预防复发。
侵袭性真菌性鼻窦炎进展迅速且可能破坏骨质，多见于免疫功能低下患者，需紧急手术清创联合两性霉素B脂质体静脉给药。合并眶内或颅内感染时需多学科协作处理，术后需长期监测免疫功能并避免接触霉变环境。药物治疗无效的过敏性真菌性鼻窦炎可能需扩大鼻窦开放术，术后需持续进行抗过敏治疗。
真菌性鼻窦炎患者应保持居所通风干燥，定期更换空调滤网，避免接触腐烂植物或潮湿环境。饮食上增加富含维生素A的胡萝卜和菠菜以增强黏膜抵抗力，补充优质蛋白如鱼类促进组织修复。出现持续鼻塞、血性分泌物或视力改变时应立即复查鼻窦CT，术后患者需按医嘱完成抗真菌疗程，糖尿病患者需严格控制血糖。日常可使用医用级生理性海水喷雾维护鼻腔清洁，冬季佩戴口罩减少冷空气刺激。