肛瘘通常需要手术治疗，保守治疗仅适用于部分特殊情况。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，难以自愈。
肛瘘形成后，由于肛门腺体持续感染，瘘管内壁会形成上皮化组织，导致管道无法自行闭合。药物治疗或局部护理仅能暂时控制炎症，无法彻底清除瘘管。手术方式包括瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘栓填塞等，通过切除或引流病灶促进愈合。部分低位单纯性肛瘘若感染轻微、分泌物少，可尝试抗生素联合坐浴保守治疗，但复发概率较高。复杂性肛瘘或伴有全身症状者必须手术干预，避免引发败血症等严重并发症。
术后需保持肛门清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴1-2次，饮食选择高纤维食物如燕麦、西蓝花预防便秘，避免久坐久站。恢复期间出现发热、剧烈疼痛或渗液增多应及时复诊。未手术患者应定期复查肛周超声，观察瘘管变化情况。所有肛瘘患者均需避免辛辣刺激饮食，控制血糖水平以减少感染风险。