肛瘘通常建议手术治疗，若不及时处理可能引发反复感染、脓肿扩散等并发症。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性炎症性管道，主要由肛腺感染引起。
肛瘘未手术时，瘘管持续存在会导致肛门周围反复出现红肿、疼痛和脓性分泌物。炎症可能向周围组织扩散形成多发性瘘管，增加治疗难度。长期慢性炎症刺激可能诱发肛周皮肤湿疹或瘢痕增生，影响肛门正常功能。部分患者可能出现发热、乏力等全身症状，严重时感染可蔓延至会阴或盆腔。极少数情况下可能因脓毒血症危及生命。
保守治疗如抗生素仅能暂时控制急性感染，无法根治瘘管。中医挂线疗法对简单瘘管有一定效果，但复发率较高。复杂性肛瘘若不手术，可能逐渐进展为马蹄形瘘或高位瘘，导致肛门括约肌损伤。免疫功能低下者可能继发坏死性筋膜炎等严重感染。儿童患者长期不治疗可能影响肛门发育。
肛瘘患者日常需保持肛门清洁，排便后可用温水坐浴缓解不适。避免久坐久站，减少肛门压力。饮食宜清淡，多摄入膳食纤维预防便秘。发现肛周肿痛应及时就医，遵医嘱使用头孢克肟分散片、甲硝唑片等抗感染药物。术后需定期换药并监测伤口愈合情况，术后1个月内避免剧烈运动。出现发热或分泌物异常增多需立即复诊。