男性膀胱镜检查通常会有轻微不适感，但多数情况下疼痛程度可控。检查时的不适主要与尿道敏感度、操作技术及个体耐受性有关。
膀胱镜检查前通常会使用局部麻醉药物如利多卡因凝胶涂抹尿道，能有效降低检查过程中的疼痛感。检查时可能出现的轻微灼热感或胀痛多集中在尿道部位，持续时间较短。对于尿道狭窄或前列腺增生的患者，检查时可能出现较强不适，但医生会通过调整器械型号或操作手法减轻反应。检查后1-2天内可能出现排尿刺痛，属于正常黏膜刺激反应。现代超细电子膀胱镜直径仅3-4毫米，较传统器械显著减少不适。
少数对疼痛极度敏感或存在泌尿系统急性炎症的患者，可能出现较明显的疼痛反应。这类情况可选择静脉麻醉的无痛膀胱镜检查，在睡眠状态下完成操作。既往有尿道外伤史或严重前列腺炎的患者，检查前需提前告知医生评估风险。检查后持续超过3天的剧烈疼痛或血尿，需及时复诊排除并发症。
检查前2小时避免大量饮水可减少排尿不适，检查后建议多喝水冲刷尿道。24小时内避免骑车、久坐等会阴部受压活动，可温水坐浴缓解尿道不适。饮食宜清淡，忌辛辣刺激食物。若出现发热、持续血尿或排尿困难需立即就医。定期复查的患者可选择柔性膀胱镜等新型检查方式。