怀孕36天通常可以进行药物流产，但需经超声确认孕囊位置及大小后遵医嘱选择合适方案。胚胎发育时间较短时可能存在流产不全风险。
药物流产适用于停经49天内的宫内妊娠，怀孕36天时孕囊直径多在5-10毫米，符合米非司酮片联合米索前列醇片的用药指征。需通过阴道超声排除宫外孕，确认孕囊着床于宫腔内。用药后需观察阴道出血量及组织物排出情况，部分患者可能出现恶心、腹痛等药物反应。
若超声显示孕囊过小或未着床，可能需推迟流产时间。存在子宫畸形、肾上腺疾病或哮喘病史者禁用药物流产。反复流产可能增加宫腔粘连概率，术后需复查HCG水平直至恢复正常。
流产后应卧床休息1-3天，避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁干燥，每日用温水清洗外阴。术后1个月内禁止性生活及盆浴，饮食上增加瘦肉、动物肝脏等含铁食物，适量补充维生素C促进铁吸收。出现发热、持续腹痛或出血量超过月经量时需立即返院检查，术后2周需复查超声评估宫腔恢复情况，后续需落实科学避孕措施。