怀孕36天通常可以遵医嘱进行药物流产。药物流产适用于妊娠49天内的宫内妊娠，需在医生评估后使用米非司酮片配合米索前列醇片等药物。
药物流产是通过药物阻断孕激素作用并促进子宫收缩终止妊娠的方式。怀孕36天时胚胎较小，子宫内膜对药物敏感性较高，此时使用米非司酮片抑制孕酮活性，再配合米索前列醇片诱发宫缩，可达到较高成功率。药物流产前需经超声确认孕囊位置及大小，排除宫外孕风险。用药后需观察阴道出血量及组织物排出情况，部分人群可能出现恶心、腹痛等药物反应。完全流产率与孕周呈负相关，36天时成功率通常超过90%。流产后两周需复查超声确认宫腔无残留，期间避免剧烈运动及性生活。
药物流产后应卧床休息1-3天，保持会阴清洁，每日用温水清洗外阴，勤换卫生巾。饮食上多摄入瘦肉、动物肝脏等富含铁的食物，搭配新鲜蔬菜水果补充维生素C促进铁吸收。避免生冷辛辣刺激食物，两周内禁止盆浴游泳。若出现发热、持续腹痛或出血量超过月经量需立即就医。后续需采取可靠避孕措施，建议至少间隔3-6个月再计划妊娠，期间可通过短效避孕药或避孕套科学避孕。