怀孕三个月进行药物流产存在流不干净的风险，需结合超声检查确认妊娠组织是否完全排出。药物流产适用于孕49天内的早期妊娠，三个月妊娠已超出常规药物流产适用范围，可能需配合清宫手术。
药物流产通过米非司酮片联合米索前列醇片终止妊娠，三个月妊娠时胚胎较大，药物可能无法完全剥离蜕膜组织，导致不全流产。临床统计显示孕周超过9周时，药物流产失败率明显上升，可能出现持续阴道出血、腹痛或感染。医生会根据超声评估残留组织大小，残留直径超过20毫米或血流信号丰富时，通常建议行清宫术。部分患者残留组织较小且无感染迹象时，可尝试药物保守治疗，如益母草颗粒、新生化颗粒促进排出，但需密切随访。
少数情况下三个月妊娠药物流产可完全成功，多见于胚胎发育偏小、子宫收缩力强的患者。这类人群用药后妊娠组织排出较完整，阴道出血1-2周内停止，复查超声宫腔无异常回声。但即使初步成功仍需监测血HCG下降情况，缓慢下降可能提示隐匿性残留。药物流产后两周内禁止盆浴及性生活，出现发热或大出血需立即返院。
药物流产后应卧床休息2-3天，避免重体力劳动，每日观察出血量及分泌物性状。饮食宜补充优质蛋白如鱼肉、鸡蛋，适量进食动物肝脏预防贫血，禁食生冷辛辣食物。保持会阴清洁，使用碘伏稀释液每日冲洗，勤换卫生巾预防感染。术后1周、2周需复查超声和血HCG，期间出现头晕、剧烈腹痛或出血量超过月经量2倍应及时就医。三个月妊娠流产后卵巢功能恢复需30-40天，首次月经前仍需避孕，建议6个月后再考虑妊娠。