怀孕三个月进行药物流产可能导致不完全流产、大出血、感染等风险，通常建议在医生监督下选择手术终止妊娠。
药物流产适用于妊娠49天内的早期终止，三个月妊娠已超出药物适用范围。此时胚胎体积较大，药物难以完全排出妊娠组织，易残留于宫腔引发持续性出血或感染。不完全流产需二次清宫手术，增加子宫内膜损伤概率。大出血与绒毛膜促性腺激素水平较高相关，可能需输血抢救。药物引起的剧烈宫缩还可能引发宫颈撕裂，尤其对未生育女性生殖系统损伤更显著。
少数情况下药物流产可能导致严重过敏反应或肝肾功能异常，与米非司酮代谢个体差异有关。三个月妊娠使用药物流产的成功率不足60%，远低于早期妊娠的90%以上成功率。药物流产后月经恢复周期可能延长至2-3个月，内分泌紊乱概率增高。宫腔粘连风险较手术流产增加，可能影响后续生育功能。
妊娠三个月终止需严格遵循医疗规范，术后应卧床休息1-2周，避免体力劳动和盆浴。每日监测体温及出血量，出现发热或出血超过月经量需立即就医。术后1个月内禁止性生活，饮食需补充优质蛋白和铁元素，如瘦肉、动物肝脏等促进恢复。保持会阴清洁，按时服用医生开具的抗生素和促宫缩药物。术后2周需复查超声确认宫腔情况，6个月内做好避孕措施避免重复流产损伤。