偏头痛患者通常优先选择磁共振检查，若存在禁忌证或需排查急性出血时可选择CT。磁共振对软组织分辨率高，有助于发现脑血管畸形、肿瘤等病因；CT则适用于紧急排除脑出血或钙化病灶。
磁共振成像无电离辐射，可多角度呈现脑部结构，对微小病变的检出率优于CT。尤其适用于长期偏头痛、伴随神经系统症状或常规治疗无效的患者。磁共振血管成像能清晰显示脑血管形态，帮助诊断动脉瘤、静脉窦血栓等血管性病因。但检查时间较长，体内有金属植入物或幽闭恐惧症者可能无法耐受。
CT检查速度快，对急性脑出血、颅骨病变的敏感性高。当偏头痛突发且伴随意识障碍、剧烈呕吐时，CT可快速鉴别蛛网膜下腔出血等危急情况。但CT对早期脑梗死、微小肿瘤等病变的分辨能力有限，且存在电离辐射风险，不宜作为常规复查手段。
建议在神经内科医生指导下选择检查方式，完善血压监测、眼底检查等基础评估。检查前后保持充足睡眠，避免强光刺激。记录头痛日记有助于医生判断病情，包括发作频率、持续时间、诱发因素及缓解方式。