手足口病引发的脑炎通常较为严重，需及时就医干预。脑炎是手足口病的罕见并发症，多由肠道病毒71型感染引起，可能遗留神经系统后遗症。
手足口病相关脑炎多见于3岁以下儿童，起病急骤，表现为持续高热、频繁呕吐、精神萎靡或烦躁不安。部分患儿会出现肢体抖动、站立不稳、眼球震颤等神经系统症状，严重时可发生抽搐、昏迷甚至呼吸衰竭。病毒直接侵袭中枢神经系统是主要病理机制，脑脊液检查可见白细胞和蛋白轻度升高，头颅MRI可能显示脑干、丘脑等部位异常信号。
极少数患儿在急性期后可能出现运动障碍、认知功能减退等长期后遗症，这与病毒毒株类型、脑损伤范围及治疗时机有关。早产儿、免疫功能低下或合并基础疾病的患儿风险更高。临床观察发现，肠道病毒71型感染更易导致重症脑炎，而柯萨奇病毒A16型引发脑炎的概率相对较低。
家长发现患儿出现嗜睡、持续头痛、反复呕吐或肢体无力等症状时，须立即送医。住院期间需密切监测生命体征，保持呼吸道通畅，避免剧烈晃动患儿头部。恢复期应定期随访神经系统发育情况，适当进行康复训练，保证优质蛋白和维生素摄入，避免剧烈运动。日常需加强手卫生，患儿用品应单独消毒，隔离期不少于症状消失后1周。