磁共振通常不能单独确诊肝癌，但可作为重要辅助诊断手段。肝癌确诊需结合血液检查、影像学检查和病理活检等综合判断。
磁共振成像能清晰显示肝脏占位性病变的位置、大小及与周围组织的关系，对肝癌的检出率较高，尤其对小于2厘米的小肝癌检出优于CT。通过动态增强扫描可观察肿瘤血供特点，典型肝癌表现为动脉期明显强化、门静脉期快速消退的快进快出特征。磁共振还能评估肝内血管侵犯和远处转移情况，为临床分期提供依据。
但磁共振存在假阳性和假阴性可能，肝硬化结节、血管瘤等良性病变可能被误判为肝癌。部分分化较好的肝癌或弥漫型肝癌可能缺乏典型影像特征。磁共振对患者配合度要求较高，体内有金属植入物或幽闭恐惧症患者无法进行检查。图像质量易受呼吸运动影响，需多次重复扫描。
怀疑肝癌时应完善甲胎蛋白等肿瘤标志物检测，必要时在超声或CT引导下进行肝穿刺活检获取病理诊断。日常需避免酗酒、预防肝炎病毒感染，肝硬化患者应每3-6个月定期进行肝脏超声和甲胎蛋白筛查。发现肝脏异常占位应及时至肝胆外科或肿瘤科就诊，由专业医生综合各项检查结果明确诊断。