鼻咽镜和CT的准确性取决于检查目的，鼻咽镜对黏膜病变观察更直接，CT对深部结构显示更清晰。
鼻咽镜通过光学镜头直接观察鼻咽部黏膜表面，能清晰识别充血、溃疡、新生物等表浅病变，尤其适合早期鼻咽癌筛查和活检取材。电子鼻咽镜还可放大图像并留存记录，但对黏膜下浸润深度或周围骨质破坏的判断有限。CT利用X线断层扫描重建三维图像，可显示鼻咽部软组织肿块的范围、颈部淋巴结转移情况以及颅底骨质是否受侵，在肿瘤分期和手术规划中更具优势，但对黏膜微小病变的敏感性较低。
两种检查各有侧重：鼻咽镜在发现黏膜异常方面更敏感，而CT在评估病变范围方面更全面。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，通常需要联合两种检查。炎症性疾病如鼻咽炎多首选鼻咽镜，而外伤后骨折评估则依赖CT。部分新型窄带成像鼻咽镜能增强血管形态显示，CT增强扫描则可明确病变血供情况，二者互补能提高诊断准确率。
建议根据临床症状初步判断检查方式，持续鼻塞涕血者可先做鼻咽镜排查黏膜病变，伴有头痛耳鸣者需结合CT评估深部情况。检查前应清洁鼻腔，CT检查需去除金属物品，增强扫描需空腹4小时。确诊鼻咽癌后需定期复查，治疗期间可交替使用两种方式监测疗效。日常注意避免用力擤鼻，保持口腔卫生，出现回吸性血涕应及时就诊。