新生儿溶血病可能导致黄疸、贫血、肝脾肿大、胆红素脑病及心力衰竭等危害，需及时干预以避免严重后果。
新生儿溶血病最直接的危害是引发重度黄疸，由于红细胞大量破坏，胆红素生成超过肝脏代谢能力，皮肤和巩膜迅速黄染。未结合胆红素水平持续升高可能透过血脑屏障，损伤基底神经节导致胆红素脑病，表现为嗜睡、肌张力减低或抽搐，遗留听力障碍或脑性瘫痪等后遗症。
溶血过程会快速消耗红细胞，引发进行性贫血，患儿出现苍白、喂养困难及心率增快。骨髓代偿不足时需输血治疗。持续溶血还会刺激肝脾造血功能亢进，造成肝脾肿大，增加器官破裂风险。大量红细胞碎片可能堵塞肾小管，导致急性肾损伤。
严重病例因贫血加重心脏负荷，可能出现心力衰竭，表现为呼吸急促、肺部湿啰音及水肿。早发型溶血病可在出生后24小时内出现休克、水肿等危象，需紧急换血治疗。部分患儿溶血后胆汁淤积，可能发展为胆汁黏稠综合征。
确诊新生儿溶血病后应密切监测胆红素和血红蛋白水平，蓝光照射可促进胆红素分解，严重贫血需输注洗涤红细胞，必要时进行血浆置换或换血疗法。母乳喂养者需评估母乳性黄疸可能性，保持充足喂养有助于胆红素排泄。出院后定期随访神经发育和听力筛查，注意观察有无苍白、嗜睡等复发征象，避免接触萘丸等氧化剂物质诱发二次溶血。