小肠镜通常通过口腔或肛门进入人体，具体路径需根据检查部位决定。主要有经口小肠镜、经肛小肠镜两种方式。
经口小肠镜从口腔进入，依次通过食管、胃、十二指肠到达空肠上段，适用于检查上段小肠病变。医生会使用镇静剂减轻患者不适，镜身直径较细且可弯曲，能清晰观察黏膜变化并取活检。经肛小肠镜从肛门进入，经过直肠、结肠、回盲部到达回肠末端，适用于检查下段小肠病变。检查前需清洁肠道，过程中可能因肠管迂曲需要调整体位配合。两种方式均需空腹准备，检查时间约1-2小时，可能引起轻微腹胀或咽喉不适。
小肠镜检查后2小时内禁食禁水，避免辛辣刺激食物24小时。经口检查后可能出现短暂咽喉疼痛，可含服润喉片缓解。经肛检查后需观察有无腹痛便血，建议当天避免剧烈运动。两种检查后均应避免驾驶或高空作业，因镇静剂可能残留影响判断力。若出现持续腹痛、呕血或发热需立即就医。日常饮食注意补充膳食纤维，保持排便通畅有助于肠道健康。