结肠镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能伴随轻度不适或腹胀感。检查过程中是否疼痛主要与个体耐受性、肠道准备情况以及医生操作技术有关。
结肠镜检查时，医生会通过肛门插入带有摄像头的软管观察结肠内部情况。多数人在充气扩张肠道时会有腹胀或压迫感，类似轻微腹痛。肠道转弯处可能引发短暂牵拉痛，但持续时间较短。检查前服用肠道清洁剂可减少粪便残留，降低操作难度和不适感。部分医疗机构提供无痛肠镜选项，通过静脉麻醉使受检者在睡眠中完成检查。
少数对疼痛敏感者或存在肠粘连、肠道狭窄等病变时，可能感受到较明显疼痛。既往腹部手术史患者因腹腔粘连，肠管活动度降低，检查难度和不适感可能增加。炎症性肠病急性期患者黏膜脆弱，操作时易出现出血或疼痛加剧。这类情况建议提前告知医生，必要时选择无痛检查或调整检查方案。
检查前3天应进食低渣饮食，避免粗纤维食物影响肠道清洁效果。检查当日需严格禁食，按医嘱服用泻药完成肠道准备。检查后2小时内避免进食，待麻醉完全消退后再饮水。24小时内不宜驾驶或高空作业，避免因麻醉残留导致意外。若出现持续腹痛、便血或发热等症状，应立即就医排查肠穿孔等并发症。定期结肠镜检查是结直肠癌筛查的重要手段，建议50岁以上人群每5-10年进行一次。