结肠镜检查过程中通常会有轻微不适感，但多数人可耐受。检查前会使用镇静药物减轻疼痛，具体感受因人而异。
结肠镜检查时，肠镜通过肠道弯曲部位可能引发牵拉感或胀痛，类似轻微腹痛。医生会通过注气扩张肠道便于观察，此时可能出现腹胀。检查前使用的解痉药物可减少肠蠕动带来的不适，静脉镇静药物能帮助放松并降低痛觉敏感度。部分敏感人群可能在肠镜通过乙状结肠或脾曲时出现短暂绞痛，但持续时间较短。现代肠镜设备的柔韧性和医生操作技术的提升也大幅降低了检查痛苦。
少数肠道粘连、肠腔狭窄或既往腹部手术史的患者，肠镜通过难度增加可能导致疼痛感更明显。炎症性肠病急性期、肠梗阻等病变状态下检查疼痛风险升高。对疼痛极度敏感或焦虑严重的患者可能出现过度反应，这类情况需提前告知医生调整麻醉方案。儿童、高龄或体质虚弱者可能需在麻醉医师监护下完成检查以确保安全。
建议检查前3天开始低渣饮食，前1天遵医嘱服用清肠剂排空肠道，检查当天禁食。穿着宽松衣物便于检查，携带既往胃肠检查报告供医生参考。检查后2小时内避免进食，出现持续腹痛或便血需及时就医。定期结肠镜检查是预防结直肠癌的有效手段，40岁以上人群建议每5-10年检查一次，有家族史或肠道症状者应遵医嘱缩短复查间隔。