甲状腺造影检查通常存在轻微副作用，但多数可控且短暂。主要可能出现碘过敏反应、甲状腺功能异常、注射部位不适、肾功能影响及辐射暴露风险。
甲状腺造影使用的含碘造影剂可能引发过敏反应，表现为皮肤瘙痒、荨麻疹或轻度恶心，严重时可出现呼吸困难，但发生率较低。检查后部分人群可能出现短暂甲状腺激素水平波动，尤其甲状腺功能异常者需密切监测。静脉注射时可能引起局部疼痛或血管刺激，通常数小时内缓解。造影剂经肾脏代谢可能对肾功能不全患者造成负担，检查前需评估肾功能。放射性核素检查存在微量辐射，但剂量严格控制在安全范围内，孕妇等特殊人群需谨慎评估。
极少数情况下，过敏体质患者可能出现过敏性休克等严重反应，需立即医疗干预。长期反复接受放射性核素检查可能累积辐射风险，但常规单次检查的辐射量低于自然环境中年度接受量。先天性甲状腺疾病患者可能出现检查后甲状腺功能持续异常，需专科随访。造影剂外渗可能导致局部组织损伤，需专业护理处理。合并严重心肺疾病者可能因检查体位诱发不适，需提前告知医生。
接受甲状腺造影前应详细告知医生过敏史、甲状腺疾病史及肾功能情况，检查后24小时内多饮水促进造影剂排泄，观察是否出现皮疹、心悸等异常症状。备孕或妊娠女性应主动告知医生，哺乳期女性需暂停哺乳24-48小时。日常注意避免短期内重复接受放射性检查，甲状腺功能异常者需在医生指导下定期复查激素水平。若检查后出现持续颈部肿痛、呼吸困难或尿量明显减少，应立即就医处理。