40天妊娠药物流产多数情况下可以流干净，但存在少数不完全流产的可能性。药物流产适用于妊娠49天内的早期终止妊娠，40天时胚胎较小，药物作用效果通常较好。不完全流产可能与个体对药物敏感性、胚胎着床位置等因素有关。
药物流产通过米非司酮和米索前列醇的联合用药促使子宫收缩排出胚胎组织。40天妊娠时胚胎直径约5-10毫米，孕囊与子宫壁附着尚不紧密，药物作用下多数能完整排出。临床数据显示此阶段完全流产率较高，孕囊排出后出血时间通常持续7-14天，出血量逐渐减少提示流产完全。
少数情况下可能出现绒毛组织残留，常见于子宫位置异常、药物吸收不良或孕囊着床于子宫角部等情况。残留组织可能导致持续阴道出血、腹痛或继发感染，需通过超声检查确认宫腔情况。若出血超过14天或突然增多，需警惕不全流产可能。
药物流产后应遵医嘱按时复查超声，确认宫腔内无残留组织。流产后2周内避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁，禁止盆浴和性生活1个月。饮食注意补充优质蛋白和含铁食物如瘦肉、动物肝脏等，促进子宫内膜修复。出现发热、剧烈腹痛或大出血需立即就医，必要时行清宫术处理不全流产。流产后月经恢复前仍需避孕，避免短期内再次妊娠。