怀孕40天通常可以遵医嘱进行药物流产。药物流产适用于妊娠49天内的早期妊娠，需在医生严格评估后使用米非司酮片配合米索前列醇片等药物。
药物流产通过药物作用阻断孕激素受体并诱发宫缩，使胚胎组织排出体外。用药前需经超声确认宫内妊娠及孕周，排除宫外孕、药物过敏等禁忌症。用药后可能出现腹痛、阴道出血等反应，需在医疗机构观察4-6小时，确认孕囊排出情况。流产后2周需复查超声，确认宫腔无残留组织，若出血超过14天或出现发热需及时就医。
少数情况下可能出现不全流产或大出血，此时需紧急清宫手术。药物流产成功率约90%，但存在5%-10%概率需二次干预。有严重贫血、哮喘、肾上腺皮质功能不全等病史者禁用该方案。
药物流产后应卧床休息1-3天，避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁，每日用温水清洗外阴。饮食上多摄入含铁丰富的动物肝脏、瘦肉等食物，搭配新鲜蔬菜水果促进铁吸收。2周内禁止盆浴、游泳及性生活，按医嘱服用抗生素预防感染。若出现持续腹痛、发热或出血量超过月经量需立即复诊。后续需采取可靠避孕措施，建议间隔6个月以上再计划妊娠。