苍耳子具有散风寒、通鼻窍、祛风湿、止痛等功效，主要用于风寒头痛、鼻渊流涕、风湿痹痛、四肢拘挛等症状的治疗。
1、散风寒
苍耳子辛温解表，能发散风寒，适用于外感风寒引起的头痛、恶寒、无汗等症状。其挥发油成分可刺激皮肤毛细血管扩张，促进发汗，帮助驱散表邪。风寒感冒初期可用苍耳子配伍防风、羌活等药材煎服。
2、通鼻窍
苍耳子对鼻塞流涕有显著缓解作用，能减轻鼻黏膜充血肿胀。其有效成分苍耳子苷可抑制组胺释放，改善过敏性鼻炎引起的打喷嚏、鼻痒症状。临床常与辛夷、白芷等同用治疗急慢性鼻窦炎。
3、祛风湿
苍耳子能祛除肌肉关节间的风湿邪气，缓解风湿痹痛、关节屈伸不利。其所含苍术酮等成分具有抗炎镇痛作用，可降低关节滑膜炎症反应。治疗类风湿关节炎时可配合独活、威灵仙等祛风湿药。
4、止痛
苍耳子的镇痛作用体现在头痛、牙痛、神经痛等多种痛症。其镇痛机制与调节中枢神经系统阿片受体有关。对于三叉神经痛患者，可将苍耳子研末醋调外敷痛处。
5、其他作用
现代研究发现苍耳子提取物有抗肿瘤、降血糖、抗氧化的药理活性。其水提物能抑制多种癌细胞增殖，二萜类成分可改善胰岛素抵抗。但相关研究尚处于实验阶段，临床运用需谨慎。
使用苍耳子时需注意其有小毒，过量服用可能导致恶心呕吐、腹痛等中毒反应，内服煎汤用量应控制在3-10克。孕妇及血虚头痛者禁用，过敏体质者慎用。建议在中医师指导下辨证使用，不可长期大量服用。外用时可取适量苍耳子捣敷或煎水熏洗患处，治疗皮肤瘙痒、疥癣等症。日常储存应置于阴凉干燥处，防止霉变。