肠镜检查通常对身体无害且副作用较少，但可能出现轻微腹胀、短暂腹痛等不适。肠镜主要用于诊断肠道疾病，检查过程中可能因充气或操作引发短暂不适，严重并发症概率极低。
肠镜检查过程中会向肠道内充入少量气体以扩张肠腔，可能导致检查后数小时内出现腹胀或轻微绞痛，这些症状通常可自行缓解。检查时使用的镇静药物可能引起短暂头晕或恶心，但药物代谢后症状即消失。极少数情况下可能发生肠穿孔或出血，多见于存在肠道溃疡、憩室等基础病变的患者，但现代肠镜技术已大幅降低此类风险。检查前需严格遵循清肠准备要求，避免残留粪便影响视野导致操作时间延长。检查后2小时内建议禁食，待麻醉完全消退后再逐步恢复饮食。
检查前3天应保持低渣饮食，避免食用红色火龙果等影响观察的食物，按医嘱服用清肠剂确保肠道清洁。检查后24小时内避免驾驶或高空作业，出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。日常可通过增加膳食纤维摄入、规律运动等方式维护肠道健康，40岁以上人群建议每5-10年定期进行肠镜检查。