无痛肠镜的副作用和危害通常较轻微，主要包括麻醉相关反应和检查操作风险，多数可自行缓解或通过预防措施避免。
无痛肠镜使用的静脉麻醉药物可能引起头晕、恶心或短暂记忆力减退，一般检查结束后2-4小时内消失。少数患者可能出现过敏反应，表现为皮肤红疹或呼吸困难，术前需详细告知医生过敏史。检查过程中肠腔充气可能造成腹胀或隐痛，术后适当走动可促进气体排出。极少数情况下可能发生肠黏膜轻微擦伤，表现为少量便血，通常无须特殊处理。操作相关风险如肠穿孔的概率极低，与肠道病变严重程度及操作规范度相关。
严重并发症如心跳呼吸抑制、大出血等罕见，多与患者基础疾病相关。严重心肺功能不全、未控制的高血压患者风险相对较高，需术前严格评估。麻醉苏醒期可能发生误吸，建议检查前严格禁食6-8小时。长期服用抗凝药物者需提前调整用药方案，避免出血风险。妊娠期女性原则上避免择期无痛肠镜检查。
检查前应完善心电图、凝血功能等必要评估，术后2小时内禁止驾车或高空作业，24小时内避免重大决策。选择正规医疗机构进行操作可最大限度降低风险，若出现持续腹痛、呕血或发热等症状需立即就医。日常保持高纤维饮食和规律排便习惯有助于减少肠道病变发生概率，40岁以上人群建议定期进行肠镜检查。