肠镜检查可能出现轻微腹胀、短暂腹痛等副作用，严重并发症如肠穿孔、出血等概率极低。肠镜是诊断肠道疾病的重要手段，副作用多与操作过程、个体差异及肠道准备有关。
肠镜检查后常见腹胀感，因检查时需向肠道充气便于观察，气体未完全排出可能导致不适，通常数小时内自行缓解。操作过程中器械接触肠壁可能引发短暂隐痛，尤其存在肠粘连或炎症时更明显，但疼痛程度较轻且持续时间短。部分患者对泻药敏感，肠道准备阶段可能出现恶心、呕吐或电解质紊乱，选择适合的清肠方案可降低反应。少数人因紧张或麻醉药物影响，术后出现头晕、乏力，休息后多能恢复。
肠穿孔发生率不足万分之一，多见于肠道结构异常或操作难度较大时，表现为剧烈腹痛、发热，需立即处理。活检或息肉切除后可能发生出血，少量渗血可自愈，活动性出血需内镜下止血。麻醉相关风险如呼吸抑制、过敏反应多见于基础疾病患者，术前评估能有效规避。感染风险与器械消毒、肠道准备是否充分相关，规范操作的医疗机构感染率极低。
检查前严格遵医嘱进行饮食调整和清肠，可减少不适发生。选择正规医疗机构，由经验丰富的医生操作能最大限度保障安全。术后出现持续腹痛、便血或发热应及时就医，避免剧烈运动24小时。肠镜的获益远高于潜在风险，定期筛查对早期发现肠道病变至关重要。