牙根烂在牙肉里通常需要手术拔除，主要方式有残根拔除术、翻瓣去骨术等。腐烂牙根可能引发感染或囊肿，建议尽早就医处理。
牙根腐烂后若残留在牙槽骨内，可能因细菌滋生导致周围组织炎症，出现牙龈红肿、疼痛或化脓。临床常通过口腔X光或锥形束CT定位残留牙根位置，评估与邻近神经血管的关系。对于完全埋藏的牙根，需切开牙龈翻瓣并去除部分骨质暴露残根，使用牙挺或根尖钳分块取出。若合并根尖肉芽肿或囊肿，需同期刮除病变组织。术后需缝合创口并配合抗生素预防感染，1-2周后拆线。部分靠近上颌窦或下颌神经管的复杂病例，可能需采用超声骨刀或显微外科技术降低并发症风险。
术后24小时内避免刷牙漱口以防止血凝块脱落，进食温凉软食减少对创面的刺激。可遵医嘱使用复方氯己定含漱液维持口腔清洁，术后3天内冰敷面部减轻肿胀。恢复期间禁止吸烟饮酒，避免用患侧咀嚼硬物。若出现剧烈疼痛、持续出血或发热需及时复诊。日常应注意早晚正确刷牙并使用牙线，每半年进行口腔检查，发现龋齿及时治疗可预防牙根腐烂的发生。