慢性扁桃体炎患者通常可以做微创手术。微创手术具有创伤小、恢复快的特点，适用于反复发作或伴有并发症的慢性扁桃体炎患者。
慢性扁桃体炎微创手术主要通过低温等离子射频消融术或激光切除术等方式进行。低温等离子射频消融术利用低温等离子能量精准切除病变组织，术中出血少，术后疼痛轻。激光切除术通过激光气化扁桃体表面病灶，适合局限性增生患者。两种术式均能保留部分扁桃体免疫功能，术后1-3天可恢复流质饮食，5-7天基本恢复正常活动。手术需在全身麻醉下进行，术前需完善血常规、凝血功能等检查，排除手术禁忌。
少数情况下，如扁桃体周围脓肿急性期、严重凝血功能障碍或未控制的高血压患者，需暂缓手术。对于扁桃体恶性肿瘤疑似病例，应优先选择传统开放性手术以便病理检查。儿童患者需评估腺样体肥大程度，必要时联合腺样体切除术。
术后应保持口腔清洁，使用生理盐水漱口，避免辛辣刺激性食物。恢复期间出现发热、剧烈疼痛或出血需及时复诊。日常需加强锻炼增强体质，预防上呼吸道感染，减少扁桃体炎复发概率。吸烟患者应戒烟，避免烟雾刺激导致术后创面愈合延迟。