婴儿肝炎综合征的治疗效果与病因、病情严重程度及干预时机有关，多数患儿经规范治疗可改善症状，部分复杂病例需长期管理。
婴儿肝炎综合征的治疗效果主要取决于病因类型。由巨细胞病毒感染、乙型肝炎病毒等感染因素引起的肝炎综合征，早期使用更昔洛韦注射液、干扰素α2b注射液等抗病毒药物配合护肝治疗，多数患儿肝功能可在数周内逐渐恢复。遗传代谢性疾病如酪氨酸血症、半乳糖血症导致的肝炎综合征，通过特殊配方奶粉饮食调整及尼替西农胶囊等药物干预，能有效控制病情进展。胆道闭锁等梗阻性病因需在生后60天内完成葛西手术，术后结合熊去氧胆酸胶囊利胆治疗，部分患儿可避免肝移植。早产儿胆汁淤积性肝炎综合征以补充中链甘油三酯配方奶及脂溶性维生素为主，通常3-6个月肝功能可恢复正常。对于病因不明的特发性婴儿肝炎综合征，采用注射用复方甘草酸苷保肝联合苯巴比妥片促进胆汁排泄，多数病例预后良好。
少数合并肝纤维化、肝硬化或遗传代谢缺陷严重的患儿，可能需肝移植或终身饮食控制。先天性胆汁酸合成障碍患儿需长期服用胆酸胶囊替代治疗，进行性家族性肝内胆汁淤积症患儿最终多需肝移植。部分阿拉杰里综合征患儿虽经门体分流术改善胆汁淤积，仍可能因心脏畸形或肾脏病变影响预后。线粒体DNA耗竭综合征等罕见病导致的肝炎综合征目前缺乏有效治疗手段，主要以对症支持为主。
家长应定期监测患儿皮肤巩膜黄染程度、大便颜色及体重增长情况，遵医嘱完成肝功能复查。喂养时选择强化中链脂肪酸的专用配方奶粉，分次少量喂食保证热量摄入。接触患儿前后严格洗手，避免交叉感染。保持脐部及会阴清洁干燥，穿着宽松纯棉衣物减少皮肤刺激。疫苗接种需根据肝功能情况调整方案，避免使用对肝脏有损伤的药物。建议建立喂养及症状观察记录本，就诊时向医生详细提供病情变化信息。