心肌肥大通常可以控制病情进展，但难以完全治愈。治疗目标以缓解症状、延缓疾病进展为主，需结合药物干预、生活方式调整及定期监测。
心肌肥大早期通过规范治疗可显著改善心功能，常用药物包括β受体阻滞剂如酒石酸美托洛尔片、钙通道阻滞剂如盐酸地尔硫卓缓释胶囊等，可降低心肌耗氧量、改善舒张功能。中重度患者可能需联合使用血管紧张素转换酶抑制剂如培哚普利叔丁胺片，或植入心脏起搏器纠正心律失常。合并心力衰竭时需严格限制钠盐摄入，每日控制在3克以内，避免剧烈运动加重心脏负荷。
部分继发性心肌肥大如高血压性心肌病，在血压控制达标后心肌厚度可能回缩。但遗传性肥厚型心肌病或终末期患者，心肌纤维化改变通常不可逆，此时治疗重点转为预防猝死和并发症，必要时需考虑室间隔切除术或心脏移植。酒精性心肌病在彻底戒酒6-12个月后可能出现一定程度的心肌重构改善。
心肌肥大患者应建立长期随访计划，每3-6个月复查心脏超声评估心室厚度和舒张功能，日常监测血压心率变化。保持低盐低脂饮食，适量补充辅酶Q10和omega-3脂肪酸，避免竞技性运动和突然的体位变化。出现胸闷气促加重、夜间阵发性呼吸困难等症状时需立即就医。家属应学习心肺复苏技能，遗传性患者建议直系亲属进行基因筛查和心脏检查。